厚生労働科学研究班「６年制薬剤師の輩出を踏まえた薬剤師の生涯学習プログラムに関する研究」（研究代表者：乾賢一京都薬科大学学長）は、専門薬剤師制度を整備するための指針をまとめた。社会的な信頼が得られる制度とするため、第三者評価機関の認証が必須と位置づけた上で、専門薬剤師を認定する学会、団体が整備すべき基本的事項を初めて示した。養成を目指す専門薬剤師像を明らかにし、指針を踏まえた制度を作ることで、専門薬剤師の質の担保につなげる。

専門薬剤師制度をめぐっては、学会等の団体が独自の認定基準を設定しているため統一性に欠け、質の担保に懸念が示されてきた。広く社会に認められるべき専門薬剤師制度が、社会の要請とかけ離れた形で制度が乱立することも危惧されている。