厚生労働省保険局医療課は、2016年度診療報酬改定の疑義解釈（第1弾）で、かかりつけ薬剤師指導料（70点）、かかりつけ薬剤師包括管理料（270点）の算定要件になっている「3年以上の薬局勤務経験」について、病院薬剤師としての勤務経験であっても1年を上限に認めることなどを明確化した。

16年度改定で新設された「かかりつけ薬剤師指導料」「かかりつけ薬剤師包括管理料」では、「保険薬剤師として3年以上の薬局勤務経験があること」が施設基準の一つになっている。