認定・専門薬剤師の質担保に向け、厚生労働科学研究「国民のニーズに応える薬剤師の専門性のあり方に関する調査研究」（研究代表者：矢野育子神戸大学病院薬剤部長）の研究班は、団体・学会ごとに異なる認定・専門薬剤師制度の名称と定義を統一するよう提案をまとめた。専門薬剤師の新規申請には、専門領域のカリキュラム研修を5年以上受けていることなどを要件とするよう求めている。

薬剤師の専門性を担保する仕組みとして、薬系職能団体や関連学会ごとに領域別認定・専門薬剤師制度が設けられているが、制度設計や認定要件等に整合性がないなどの課題も見られ、第三者機関によって認証される仕組みになっていない現状がある。