菅義偉首相が16日に発足させた自民、公明両党による連立内閣では、厚生労働相に田村憲久元厚労相が6年ぶりに再登板した。加藤勝信前厚労相は官房長官に横滑りし、萩生田光一文部科学相、梶山弘志経済産業相はそれぞれ留任した。また、マイナンバー制度などを担当するデジタル改革担当相には平井卓也元科学技術担当相を起用した。菅内閣は、7年8カ月に及ぶ安倍政権を引き継ぎ、新たな布陣で新型コロナウイルス感染症対策を最優先とした政策に取り組む。

16日午前に行われた臨時閣議で安倍内閣が総辞職し、同日午後に衆参両院の本会議で行われた首相指名選挙では菅氏が第99代総理大臣に選出された。同日夕に自民、公明両党による菅連立内閣を発足させた。