新ガイドラインでは、研究活動の不正行為に関する基本的考え方として、研究者の自律に基づく自浄作用で対応すべきと指摘。新たに大学等の研究機関が責任を持って不正行為の防止にかかわることで、不正が起こりにくい環境が作られるよう対応強化を規定。特に組織としての責任体制の確立による管理責任の明確化や不正を事前に防止する取り組みの推進を求めた。